在 DEA 突袭 Tuco 在阿尔伯克基的行动后，沃尔特·怀特（布莱恩·克兰斯顿）和杰西·平克曼（亚伦·保罗）被他们的新毒品经销商 Tuco 绑架，第二季的开始就开始了。
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毒枭将他们拖到他叔叔赫克托·萨拉曼卡的家中，赫克托·萨拉曼卡曾是一名中风的犯罪头目，现在只能坐在轮椅上。沃尔特和杰西得知图科计划将他们搬到墨西哥继续他们的业务，但两人在计划进行之前设法逃脱。
另一方面，图科就没有那么幸运了，在毒枭和缉毒局特工之间的激烈对峙之后被汉克施拉德（迪恩诺里斯）击落。
沃尔特失踪数日后回到家，斯凯勒（安娜·古恩饰）开始怀疑他的古怪行为。
杰西拿着他的财富，用毒钱租了一套新公寓。他与房东的女儿简（克里斯汀·里特饰）恋爱了，简（克里斯汀·里特饰）是一名正在康复的海洛因成瘾者。
当 Walt 和 Jesse 的快速业务扩张导致分销问题和法律冲突时，Walt 聘请刑事律师 Saul Goodman（Bob Odenkirk）清理混乱并保护他们的业务。
回到打击犯罪的前线，汉克因杀死图科而获得奖励，并被派往德克萨斯州的埃尔帕索进行晋升。然而，他没有透露的是，上次枪战的记忆让他陷入恐慌。在目睹了埃尔帕索犯罪现场的残暴行为，包括斩首一名罪犯和计划轰炸 DEA 小队后，他被送回阿尔伯克基的家中。
沃尔特的前朋友格雷琴发现这位药剂师一直在向他的家人撒谎，说她一直在帮助支付他的医疗费用。面对沃尔特，她和她的丈夫艾略特在几年前开始的一项商业冒险中欺骗了他，为了保护沃尔特的家人，她对这笔钱保持沉默。
同样担心家庭的财务稳定，怀孕的斯凯勒回到她的前任老板泰德·贝内克（克里斯托弗·考辛斯）工作，并开始依赖他的情感支持，因为沃尔特的双重生活对他们的婚姻造成了影响。
随着沃尔特的癌症痊愈，他的最后一件产品被卖到等待的瘾君子手中，他很快发现常态很无聊。另一方面，杰西继续销售，直到他的一个经销商和朋友被一个竞争的毒枭射杀。心烦意乱，他陷入了由药物引起的狂暴状态，并把简从清醒中拉出来，和他一起倒下。
关于枪击事件的消息传开了，这对夫妇的经销商开始退出以保护自己。沃尔特和杰西不知道该怎么办，于是求助于扫罗和他与犯罪分子的诡异关系，让他们与快餐店老板格斯·弗林（吉安卡洛·埃斯波西托饰）建立关系。谨慎但令人难以置信的成功，Gus 带来了两次巨大的扩张和可观的加薪。但在测试他们是否真的适合这份工作时，沃尔特在发现杰西因注射海洛因而丧失行为能力后，被派去独自完成不可能的一小时送货。
这不仅在 Walt 和 Jesse 之间造成了不信任的分歧，而且 Walt 不在他的妻子那里生下了他们刚出生的女儿，这也给家里带来了麻烦。在一场闹剧之后，沃尔特和杰西同意终止他们的合作关系。
沃尔特最终在一家酒吧消解他的悲伤，并巧合地遇到了简的父亲唐纳德。在谈论如何帮助他们所爱的人度过艰难的挣扎之后，沃尔特回到杰西的公寓，发现他和简因注射海洛因而处于另一种高潮状态。当简被撞倒在她的背上并开始被自己的呕吐物窒息时，试图唤醒杰西的失败将沃尔特留在了房间里。沃尔特犹豫着要把她移到她身边，但在离开之前让她窒息。
杰西在第二天早上发现简的尸体时陷入了沮丧，并认为自己应对她的死负责。沃尔特带着杰西去康复中心，与此同时，格斯开始揭开沃尔特患有癌症而他的姐夫是缉毒局特工汉克的真相。
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越来越多疑的斯凯勒还揭露了有关沃尔特双重生活的信息，这表明她因恐惧和愤怒而离开了丈夫。在离开他们共同的阿尔伯克基家后，沃尔特目睹了天空中的爆炸。我们了解到，沃尔特几天前遇到的那个人，唐纳德，是一名空中交通管制员，在他的女儿简去世后心疼，不小心将两架飞机引导到了彼此的航线上。